A FTM tem um Conselho Diretivo eleito pelos sócios-trabalhadores e que tem dois anos de mandado. As reuniões e decisões dessa equipe têm duas missões específicas:
1 – orientar os caminhos dos trabalhos que a espiritualidade indica como mais adequados aos assistidos que procuram a Fraternidade Terceiro Milênio e
2 – orientar as diretorias técnicas para as ações do planejamento administrativo material com a resolução de eventuais dúvidas e conflitos técnicos ou de relacionamentos, fazendo as vezes de diretoria geral e como se fosse um departamento de RH.
Afinal, a FTM é auxiliar no trabalho da espiritualidade, mas vive com os pés bem conectados à Terra Sagrada onde Deus a colocou missionária. Trabalho humano, abençoado por Deus, mas com todas os desafios humanos.
